国税函(2009)3号文中规定：《实施条例》第四十、四十一、四十二条所称的“工资薪金总额”，是指企业按照本通知第一条规定实际发放的工资薪金总和，不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费等社会保险费和住房公积金。上文是指企业应承担的社会保险、公积金部分不包括吗?假设：应付职工工资总额5000-代扣个人应负担的各项保险、公积金600-代扣个人所得税300=实际发放4100，是以5000还是4100作为三项费用计算基数?

依据《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》(国税函[2009]3号)规定，《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第四十、四十一、四十二条所称的“工资薪金总额”，是指企业按照国税函[2009]3号文件第一条规定实际发放的工资薪金总和，不包括企业负担的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金。

按照你的假设，不考虑其他特殊情况，5000元为税法所称的“工资薪金总额”。